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根据您提供的信息，如果合同上的昆明海运费是另外列明的 USD390（已包含到目的港的换单费和工厂将货物送到监管仓库的运费），则这部分费用应该被视为到港费用。因此，如果您的运输方式为 CFR（成本加运费），在付款时应该一起支付昆明海运费。
货代提出将换单费计入海运费的建议存在一些风险，因为这可能会导致海关问题，建议您再次确认并核对相关费用，同时与货代沟通，了解他们如何计算这些费用。
至于商业上的海运费 USD390 是否可以直接平摊到货值中，这取决于您的合同条款以及供应商是否同意。如果合同中规定了这一点，并且供应商同意支付这笔费用，则可以把这笔费用平摊到货值中。但是，如果您的合同没有涉及这个问题，或者供应商不同意支付这笔额外费用，您将需要自己承担这笔费用。
总之，在进行任何决策前，建议您与供应商和货代充分沟通，核实所有费用，并仔细评估其对您的财务影响。
