首先，在清关时出现的金额差异可能会引起海关的怀疑，因此清关金额应该应该与上海报关金额保持一致或非常接近。
对于您的情况，建议您联系专业的上海报关行或物流公司，以获得更专业的建议和操作方式。您可以考虑将货物从香港直接发出，这样报关和清关的金额就会一致，从而避免海关的问题。此外，您也可以考虑将货物分为两批，从两个地方发出，这样也可以避免海关的问题。无论如何，最好的解决方案是在发货之前与物流公司或报关行建立起清晰的沟通渠道，确保他们对于您的特殊情况有着充分的了解和配合。
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根据你的描述，这些情况都涉及到货款、出货和上海报关的问题。下面是一些建议：
1、对于客户要求一半数量上海报关，一半数量不报关的情况，你可以和客户协商并达成共识。确保在协议中明确规定双方责任和义务，遵守当地的贸易法规和报关要求。同时，了解和遵守国际贸易规则和相关报关法规。
2、对于客户要求一半货物发往国内公司，一半货物发往国外进行报关的情况，你需要确保在分批发货的同时，将需要报关的货物交由专业的货代或报关代理进行报关手续。确保货物合法合规地进出口，并及时提供相关的报关单证和文件。
3、对于客户要求使用指定的货代进行报关的情况，你可以根据客户要求协商处理。确保与指定的货代进行有效的沟通和合作，确保货物顺利报关并安全到达目的地。同时，确保货代提供相关的报关单证和文件，以便将来可能的审计和查验。
以上建议仅供参考，具体操作细节可能需要根据实际情况和当地法规做出调整。另外，在货款、出货和报关的过程中，务必保持与财务部门的密切沟通和合作，确保财务账目准确。
对于新的外汇管理监测系统，你可以咨询当地的外汇管理部门或专业机构，了解如何申报相关信息和处理未报关的情况，以确保合法合规。
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可以外管监测系统里差额报告
